La iglesia y el claustro de San Francisco están asociados con la primera misión franciscana del país, de hecho, estos edificios religiosos son los más antiguos del país. Es una estructura de piedra caracterizada por un estilo colonial combinado con el barroco mestizo. Durante el período colonial, el Virrey Toledo construyó lagos artificiales para aumentar el rendimiento de la mina. Los embalses no resistieron e inundaron toda la ciudad, pero la iglesia de San Francisco permaneció intacta. Cuando se visita el templo es interesante notar varios puntos de interés entre los que se encuentran las catacumbas, y los tejados que ofrecen una espléndida vista de la ciudad y sus alrededores.